アプリ内で「iCloudを使用」をオンにできない場合は、システム設定から直接機能を有効にする必要がある可能性があります。
iPhone/iPad/Macの設定 > Apple ID > iCloud > iCloud ドライブに移動して、「このiPhone/iPad/Macを同期」をオンにし、「iCloud ドライブに同期するアプリ」で「Goodnotes」もオンにしてください：
そこから、Goodnotes で「ドキュメントの同期に iCloud を使用する」をオンにできるはずです。
注: この記事は、便宜を図るために機械翻訳されています。最も正確かつ最新の情報については、 英語版をお読みください。